آر تی ام اس در واقع جریان های الکتریکی هستند که تحت تاثیر میدان مغناطیسی قرار گرفته و باعث می شود که مغز برای فعالیت های مغناطیسی تحریک شود. این پالس ها از پوست و استخوان سر عبور کرده و قسمت هایی از مغز را تحریک می کند. عبور پالس های مغناطیسی از استخوان و پرده های مغز بدون درد بوده و کمک می کند که نورون های عصبی در مغزدچار فعالیت شود. انجام این عمل احساس درد و ناراحتی در پی ندارد و فرد حس ناخوشایندی را تجربه نمی کند. عبور میدان مغناطیسی از مغز باعث می شود که در سلول های عصبی مغز جریان های دوباره ایجاد شود، از این روش درمانی برای اختلال و بیماری های مختلفی استفاده می شود که بسیار کمک کننده و موثر خواهد بود. به طور مثال برای درمان افسردگی با روش آر تی ام اس متابولیسم قسمت های خاصی از مغز را افزایش می دهند که این عملکرد کمک می کند فرد احساس بهتری را نسبت به گذشته داشته باشد. این روش به خصوص برای افرادی که روش های درمانی موثری تجربه نکرده‌اند موثر واقع می شود. البته کاربرد آرتی ام اس تنها برای درمان افسردگی نیست اما به دلیل شایع بودن این بیماری تاثیرات بهتری روی افسردگی می گذارد. کمک می کند که نورون ها دچار تحریکاتی شوند که در نهایت به حالت طبیعی خود برگشته و فعالیت های مغزی را بازگرداند. استفاده از آرتی ام اس بخصوص در بیماری هایی مانند سکته مغزی و فاز اضطراب و اختلال دوقطبی نیز موثر واقع شود.
